
O seu túmulo encontra-se na igreja de Santa Maria in Monserrato, em Roma.
O Papa Calisto III criou o Padroado, que era um tratado entre a Igreja Católica e os Reinos de Portugal e de Espanha.
A Igreja Católica delegava aos monarcas destes reinos ibéricos a administração e organização da Igreja Católica em seus domínios. O rei mandava construir igrejas e era responsável pela sua manutenção), nomeava os padres e os bispos, sendo estes depois aprovados pelo Papa.
Assim, a estrutura do Reino de Portugal e de Espanha tinha não só uma dimensão político-administrativa, mas também religiosa. Com a criação do Padroado, muitas das atividades características da Igreja Católica eram, na verdade, funções do poder político. Particularmente a Inquisição, que nos Impérios Ibéricos funcionou mais como uma polícia do que a sua função inicial religiosa.
O Padroado português foi muito alterado ao longo dos tempos, mas os seus últimos vestígios foram suprimidos com o Concílio Vaticano II. Por exemplo, até este Concílio, era o Chefe de Estado Português que impunha o barrete cardinalício ao Patriarca de Lisboa.